台灣科技媒體中心是一獨立運作的非營利組織，原由科技部獨資支持（至2021年7月底止），目前以多元資金維持組織運作。本中心的運作不受資助者影響。本中心的運作以提供基於科學證據的資訊與專家意見為原則，協助媒體報導具有科學實證基礎的新聞。
本中心自2021年9月4日起由社團法人台灣科學媒體協會之理監事會，確保台灣科技媒體中心的獨立運作，不受任何政治、商業和個人偏好之影響，並維持編輯台完整的獨立性。
社團法人台灣科學媒體協會設置之理監事會，其理事與監事互選常務理事兩人及常務監事一人，並由理事就常務理事中選舉一人為理事長。
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