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施打HPV疫苗後發生的不良反應，有時序關係但不代表有因果關係。新發生的自體免疫疾病機率，在臨床試驗者的HPV疫苗組和對照組之間並無不同。藉由施打HPV疫苗能有效降低罹患子宮頸癌的風險，子宮頸癌也不是百分百都是HPV造成，所以還是要定期做子宮頸癌篩檢。