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2019年06月08日，國內首次於苗栗發現秋行軍蟲幼蟲，隨後農委會於10日成立「秋行軍蟲災害緊急應變小組」。

由於目前無疫苗可抑制非洲豬瘟，因此疫情監控成了防制非洲豬瘟的重要手段。

2019年01月，國內雞蛋出現短缺現象，而農委會於01月10日召開記者會，說明缺蛋主因為823水災，並預計2月後雞蛋供給量將逐漸穩定。然02月21日，有媒體揭露國內蛋荒的主因來自於種雞場疫苗接種出現問題；雖農委會於當日晚間緊急召開記者會，說明疫苗失敗非此次雞蛋短缺的主要原因，但仍引發相關的爭議與討論。